麥克風的主要缺點是如果暴露在不利的化學品(如汗液)就會最終損壞。
所有的電子元件都產生少量的隨機電噪音，麥克風也不例外。噪聲可以導致空氣分子相對振動膜的無規則運動，同時也可以導致麥克風放大器內部無規則的電運動。這種噪聲被助聽器放大器充分放大后，在安靜的環境下有時會被助聽器使用者聽到，特別是某些頻率的聽力接近正常的使用者。
麥克風的另一個缺點是對聲音的敏感度;
麥克風對振動靈敏的第一個結果是任何振動被放大后都成為惱人的聲音。例如，摩擦助聽器機身(如：衣服貼近助聽器)就可以聽到這種聲音;直接振動助聽器機身，或在堅硬的表面滑動時也可能聽到這種討厭的極大的噪聲。第二個結果是當助聽器受話器運行時產生與聲音一樣的振動。麥克風拾取了一些振動，將它們轉換成電信號，然后它們被助聽器放大并通過受話器，產生更大的振動。如果從受話器到麥克風的這種振動的機械傳送足夠強，并且/或者助聽器的增益足夠高，這種反饋環路就可能引起可聽到的振動，這種振動通常在低頻。助聽器設計者通過麥克風和受話器的精心安裝和布置來避免這種反饋，但是它們中的任何一個改變了位置，助聽器就會因為內反饋而不穩定。如果麥克風被安裝在一個細長的管子的入口處，赫爾姆茲共振在頻率上會向下移。這樣會導致在增益-頻率響應上出現更大的峰，并且在峰值頻率以上的頻率增益會迅速上升。
麥克風的最后一個缺點是風噪音。
當風碰撞到一個障礙物，如頭、耳廓或助聽器時，就會產生湍流。湍流由壓力的起伏構成，麥克風不加選擇的將這些湍流轉換成聲音，這樣就聽到低中頻的噪音。保持麥克風入口遠離風向可以減少風噪音的數量。一種雖然隱蔽、有效，但并不受歡迎的處理方法是在麥克風端口處放一些塑料泡沫;其次，較好的方法是將麥克風端口深放入耳道，因而出現了深耳道式CIC助聽器。第三，效果稍差一些的選擇是制造商在開放的麥克風端口放置網篩，這樣進入麥克風端口的湍流就很少。
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